微生物是一切肉眼看不到或者看不清楚的微小生物的总称。它们是一些形态细小，结构简单，分布广，种类多的低等生物，同时微生物容易培养，便于研究。

    微生物可简单分为细菌、真菌、病毒和原生生物。

（1）细菌（Bacteria）包括球菌、杆菌、螺旋菌、弧菌，细菌是单细胞的原核生物，只有拟核和核糖体一种细胞器，是生物的主要类群之一。细菌是所有生物中数量最多的一类，据估计，其总数约有5×10^30个。细菌的个体非常小，目前已知最小的细菌只有0.2微米长，因此大多只能在显微镜下看到它们。细菌一般是单细胞，细胞结构简单，缺乏细胞核、细胞骨架以及膜状胞器，例如粒线体和叶绿体。基于这些特征，细菌属于原核生物。细菌广泛分布于土壤和水中，或著与其他生物共生。人体身上也带有相当多的细菌。据估计，人体内及表皮上的细菌细胞总数约是人体细胞总数的十倍。此外，也有部分种类分布在极端的环境中，例如温泉，甚至是放射性废弃物中，它们被归类为嗜极生物，其中最著名的种类之一是海栖热袍菌，科学家是在意大利的一座海底火山中发现这种细菌的。然而，细菌的种类是如此之多，科学家研究过并命名的种类只占其中的小部份。

（2）真菌（Fungus）是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界。包括单细胞真菌 （酵母菌）小型多细胞真菌（霉菌）大型多细胞真菌（蘑菇 木耳 灵芝）所以微生物不一定是看不见的。

（3）病毒(virus)是一种具有细胞感染性的亚显微粒子，它实际上就是由一个保护性的外壳包裹的一段DNA或者RNA。此外，部分病毒在到达细胞表面时能够形成脂质的包膜环绕在外。病毒的形态各异，从简单的螺旋形和正二十面体形到复合型结构。病毒颗粒大约是细菌大小的百分之一。病毒的起源目前尚不清楚，不同的病毒可能起源于不同的机制：部分病毒可能起源于质粒（一种环状的DNA，可以在细胞内复制并在细胞间进行转移），而其他一些则可能起源于细菌。

（4）原生生物（Protista）是由原核生物发展而来的真核生物，并是植物、动物、真菌的祖先。原生生物大部分是单细胞生物，比原核生物更大、更复杂。有些原生生物可以借助光合作用制造养分。原生生物界至少包含5万种的生物，大致分为以下三类：

    藻类：后发展为植物界 

    原生动物类：后发展为动物界 

    原生菌类：后发展为真菌界 

    原生生物的特征：

    原生生物是简单的真核生物，多为单细胞生物，亦有部份是多细胞的，但不具组织分化。这个界别是真核生物中最低等的。制造养分的方式，有的跟真菌一样，吸收外间的营养；有的能行光合作用，亦能捕食，例如裸藻。所有原生生物都生存于水中。 常见的原生生物包括纤毛虫、变形虫、疟原虫、粘菌、浮游生物、海藻，也有光自营的单细胞游动微生物，如眼虫等。